Urkundlich wird Poppenhausen verhältnismäßig spät und zwar erst am 08. Dezember 1223 belegt, als ein gewisser Friedrich von Poppenhausen als Zeuge in einer Urkunde erscheint. Poppenhausen gehört zum hennebergischen, seit 1353 hochstiftischen Amt und Centgericht Ebenhausen.
1525 beteiligen sich die Bewohner von Poppenhausen am Bauernaufstand und werden dafür zu Bußabgaben verpflichtet. 1653 fällt ein Teil des Ortes (18 Häuser) einem Brand zu Opfer.